Dalam perkembangannya, PTPG Tondano dialihkan menjadi Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan (FKIP) Universitas Hasanuddin Makassar berdasarkan Peraturan Pemerintah Nomor 23 Tahun 1956 juncto Peraturan Pemerintah Nomor 71 Tahun 1956. Akibat dinamika perkembangan daerah pada masa itu, FKIP UNHAS Tondano dipindahkan ke Manado pada tahun 1958 dengan nama FKIP UNHAS Tondano di Manado. Selanjutnya, pada tahun 1960 berubah nama menjadi FKIP UNHAS Manado.

           Pada tahun 1961, FKIP UNHAS Manado diintegrasikan ke dalam Universitas Sulawesi Utara dan Tengah (UNSULUTTENG) berdasarkan Keputusan Menteri Perguruan Tinggi dan Ilmu Pengetahuan (PTIP) Nomor 22 tanggal 4 Juli 1961, dengan nama FKIP UNSULUTTENG Manado. Kemudian pada tahun 1963, statusnya kembali berubah menjadi bagian dari IKIP Yogyakarta Cabang Manado. Pada masa tersebut, Jurusan Pendidikan Jasmani berada di bawah Fakultas Ilmu Pendidikan (FIP).

           Berdasarkan Keputusan Menteri PTIP Nomor 18 Tahun 1965 tanggal 8 Maret 1965 juncto Keputusan Presiden Nomor 275 Tahun 1965 tanggal 14 September 1965, IKIP Manado resmi berdiri sebagai lembaga pendidikan tinggi yang mandiri. Seiring dengan perkembangan pendidikan olahraga, Jurusan Pendidikan Jasmani yang berasal dari PTPG Tondano berkembang menjadi Sekolah Tinggi Olahraga pada periode 1967–1976.

           Pada tanggal 22 Februari 1977, Sekolah Tinggi Olahraga diintegrasikan ke dalam IKIP Manado berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Nomor 042 Tahun 1977 dengan nama Fakultas Keguruan dan Ilmu Keolahragaan Manado (FKIK Manado). Selanjutnya, berdasarkan Keputusan Presiden Republik Indonesia Nomor 71 Tahun 1982 dan Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Nomor 0157/O/1983, struktur fakultas di IKIP Manado mengalami perubahan sehingga FKIK berubah menjadi Fakultas Pendidikan Olahraga dan Kesehatan (FPOK).

           Perubahan penting kembali terjadi ketika IKIP Manado dikonversi menjadi Universitas Negeri Manado berdasarkan Keputusan Presiden Republik Indonesia Nomor 93 Tahun 1999 tanggal 4 Agustus 1999. Sejalan dengan perubahan status perguruan tinggi tersebut, Fakultas Pendidikan Olahraga dan Kesehatan (FPOK) berubah menjadi Fakultas Ilmu Olahraga (FIO), yang kemudian disesuaikan menjadi Fakultas Ilmu Keolahragaan (FIK).

           Dalam upaya menjawab perkembangan ilmu pengetahuan, kebutuhan masyarakat, serta tantangan di bidang olahraga dan kesehatan masyarakat, fakultas ini terus berkembang baik dari sisi kelembagaan maupun keilmuan. Berdasarkan Peraturan Menteri Pendidikan, Kebudayaan, Riset, dan Teknologi Republik Indonesia Nomor 17 Tahun 2022 tentang Organisasi dan Tata Kerja Universitas Negeri Manado, fakultas ini resmi bernama Fakultas Ilmu Keolahragaan dan Kesehatan Masyarakat (FIKKM) Universitas Negeri Manado.